home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00160 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  46 lines
  1. **********************************
  2. * DNA topoisomerase II signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. DNA topoisomerase II (EC 5.99.1.3) [1,2,3] is one of the  two types of enzymes
  6. that catalyze  the  interconversion of  topological  isomers of DNA.   Type II
  7. topoisomerases act by passing a DNA  segment through a transient double-strand
  8. break.  Topoisomerase II is  found in  phages,   archaebacteria,  prokaryotes,
  9. eukaryotes, and  in   African  Swine  Fever virus (ASF).  In  bacteriophage T4
  10. topoisomerase II consists of three subunits  (the product of genes 39, 52  and
  11. 60). In prokaryotes and  in  archaebacteria the enzyme, known  as  DNA gyrase,
  12. consists  of two subunits (genes gyrA and gyrB). In Escherichia coli, a second
  13. type II topoisomerase  has been identified;  it is  known as  topoisomerase IV
  14. and is required  for chromosome segregation, it also  consists of two subunits
  15. (genes parC and parE). In eukaryotes, type II topoisomerase is a homodimer.
  16.  
  17. There are many regions of sequence homology between the different  subtypes of
  18. topoisomerase II. The relation between the different  subunits is shown in the
  19. following representation:
  20.  
  21. <----------------About-1400-residues----------------------->
  22.  
  23. [----------Protein 39-*-----][----Protein 52----]              Phage T4
  24. [----------gyrB-------*-----][--------gyrA-----------------]   Prokaryote II
  25.                                                                Archaebacteria
  26. [----------parE-------*-----][--------parD-----------------]   Prokaryote IV
  27. [---------------------*------------------------------------]   Eukaryote and
  28.                                                                ASF
  29. '*': Position of the pattern.
  30.  
  31. As a signature pattern for this family of proteins,  we have selected a region
  32. that contains a highly conserved pentapeptide. The pattern is located in gyrB,
  33. in parE, and in protein 39 of phage T4 topoisomerase.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [LIVMA]-x-E-G-[DN]-S-A-x-[STAG]
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  39.  
  40. [ 1] Sternglanz R.
  41.      Curr. Opin. Cell Biol. 1:533-535(1990).
  42. [ 2] Bjornsti M.-A.
  43.      Curr. Opin. Struct. Biol. 1:99-103(1991).
  44. [ 3] Wyckoff E., Natalie D., Nolan J.M., Lee M., Hsieh T.-S.
  45.      J. Mol. Biol. 205:1-13(1989).
  46.